Venn Diagram¶
Venn 탭은 2–3개 contrast에 걸친 차등 발현 유전자(DEG)의 중첩을 보여줍니다. 이를 통해 여러 실험 조건에서 일관되게 조절되는 유전자나 특정 비교에만 고유한 유전자를 파악할 수 있습니다.
Requirements¶
이 탭을 사용하려면 프로젝트에 최소 2개의 contrast 파일(*.deseq2.results_filtered.tsv)이 있어야 합니다.
Controls¶
| Control | Description |
|---|---|
| Select contrasts | 비교할 contrast 2개 또는 3개 선택(다중 선택, 최대 3개) |
| DEG direction | All DEGs — 3개의 Venn을 나란히 표시(Up, Down, All); Up-regulated 또는 Down-regulated — 단일 Venn 표시 |
Reading the Diagram¶
- 각 원(circle)은 하나의 contrast를 나타내며, contrast 이름과 전체 DEG 개수가 함께 표시됩니다. 원의 색상은 사이드바의 Down, Up, Select 색상 설정에서 파생됩니다.
- 중첩 영역(overlapping regions)은 여러 contrast에서 유의한 유전자를 보여줍니다
- 각 영역의 숫자(numbers)는 유전자 개수를 나타냅니다
- 글꼴 색상과 크기(Font color and size)는 사이드바 Appearance 설정으로 제어됩니다. 영역 개수는 기본 글꼴보다 큰 크기로, contrast 라벨은 약간 작은 크기로 표시됩니다.
- 긴 contrast 이름은 다이어그램을 벗어나지 않도록 여러 줄로 자동 줄바꿈됩니다
"All DEGs"를 선택하면 3개의 Venn diagram이 나란히 표시됩니다:
- Up-regulated — 임계값을 초과하는 양의 log2FC를 가진 유전자
- Down-regulated — 임계값 미만의 음의 log2FC를 가진 유전자
- All DEGs — 상향 및 하향을 합친 것
Summary Metrics¶
일련의 지표 카드가 contrast별 합계를 보여줍니다: 전체 DEG 수, 상향(up) 수, 하향(down) 수.
Gene Lists¶
다이어그램 아래에는 각 Venn 영역의 유전자를 나열하는 확장 가능한 섹션이 있습니다:
- 각 contrast의 gene ID, log2FC, 조정된 p-value
- 각 영역의 유전자 목록을 CSV로 내보내는 Download 버튼
Tip
Venn diagram을 사용해 공유 바이오마커(shared biomarkers)를 찾으세요 — 여러 contrast에서 유의한 유전자는 더 견고한 후보인 경우가 많습니다.