KEGG Pathway Map — Interactive Pathway Network¶
화면 헤더: KEGG Pathway Map
KEGG Pathway Map 탭은 선택한 KEGG pathway 내 유전자 간의 분자 상호작용을 보여 주는 인터랙티브 pathway 네트워크를 렌더링하며, 발현 데이터를 색상 그라디언트로 겹쳐서 표시합니다.
How It Differs from the KEGG Tab¶
| Feature | KEGG tab | KEGG Pathway Map tab |
|---|---|---|
| 차트 유형 | 가로 막대 차트 | 인터랙티브 pathway 네트워크 |
| 시각적 인코딩 | 막대 길이 + 색상 | 노드 색상(log2FC 그라디언트) + edge 유형 |
| 유전자 상호작용 | 없음 | 있음 — KGML의 17가지 KEGG edge 유형 전체 |
| 유전자 단위 상세 | 없음 | 있음 — 유전자를 클릭하면 발현 정보 표시 |
| 레이아웃 | 정적 | 확대/축소, 이동, 레이아웃 전환 가능 |
| Group/complex | 없음 | 있음 — 단백질 복합체를 복합 노드로 표시 |
| Paralog 처리 | 없음 | 있음 — pathway 위치당 다중 유전자 ID |
Controls¶
대비(contrast)는 사이드바의 Contrast 드롭다운으로 결정됩니다.
| Control | Description |
|---|---|
| Direction | 조절 방향으로 필터링: all, up, down |
| Select a pathway | 시각화할 enrichment된 KEGG pathway 선택 |
Pathway Network¶
이 인터랙티브 네트워크는 Cytoscape.js로 구동되며, KEGG pathway 레이아웃 위에 사용자의 DEG 발현 데이터를 겹쳐서 표시합니다.
Interactive Features¶
- Zoom & pan — 스크롤로 확대/축소, 드래그로 이동
- Click a gene — 노드와 연결된 edge를 강조 표시하고, 유전자 ID, log2FC, padj, direction, paralog 상세 정보가 담긴 정보 패널을 표시합니다
- Search — 검색 상자에 유전자 이름을 입력하면 일치하는 노드를 찾아 강조 표시합니다
- Layout switcher — KEGG Layout(원본 좌표), Force-directed, Grid, Circle 배치 사이를 전환합니다
- Fit / Reset — 뷰를 다시 중앙에 맞추거나 모든 강조 표시를 초기화합니다
- Legend toggle — edge 유형 및 노드 유형 범례를 표시/숨김 처리합니다
Node Types¶
| Shape | Color | Meaning |
|---|---|---|
| 둥근 사각형 | 빨간색 그라디언트 | 상향 조절된 DEG(진하기 = log2FC 크기) |
| 둥근 사각형 | 파란색 그라디언트 | 하향 조절된 DEG(진하기 = log2FC 크기) |
| 둥근 사각형 | 흰색 | 유의미한 fold change가 없는 DEG |
| 둥근 사각형 | 연한 초록색 | DEG 목록에 없는 pathway 유전자 |
| 작은 원 | 연한 파란색 | Compound(대사물질) |
| 둥근 사각형 | 연한 보라색 | 연결된 pathway |
| 점선 테두리 컨테이너 | 노란색 점선 | 단백질 복합체 / group |
Edge Types (KEGG Conventions)¶
Edge는 분자 상호작용을 나타내며, KEGG 관례를 따르는 스타일로 표시됩니다.
| Style | Edge Type | Meaning |
|---|---|---|
| 실선, 삼각형 화살표 | Activation | 직접 활성화 |
| 점선, T자형 화살표 | Inhibition | 직접 억제 |
| 실선, 삼각형 화살표 | Expression | 양성 전사 조절 |
| 점선, T자형 화살표 | Repression | 음성 전사 조절 |
| 점선, 삼각형 화살표 | Phosphorylation | 번역 후 인산화 |
| 실선, 화살표 없음 | Binding / Association | 물리적 결합 또는 복합체 형성 |
| 점선, 마름모 화살표 | State Change | 형태 변화 또는 상태 변형 |
| 점선, 삼각형 화살표 | Indirect Effect | 간접적 인과 관계 |
| 실선, 화살표 없음 | Via Compound | Compound를 매개로 한 상호작용 |
| 실선, 삼각형 화살표 | Reaction | 대사 반응(기질에서 산물로) |
Note
Pathway 네트워크는 KEGG REST API에서 KGML 데이터를 가져오기 위해 인터넷 연결이 필요합니다. Pathway 레이아웃은 생물학적 정확성을 위해 원본 KEGG 좌표 위치를 그대로 유지합니다.
Expression Overlay¶
유전자 노드는 log2 fold change를 기준으로 파랑-흰색-빨강 그라디언트로 색이 지정됩니다.
- 파랑(Blue) = 강하게 하향 조절됨
- 흰색(White) = fold change가 0에 가까움
- 빨강(Red) = 강하게 상향 조절됨
색상 진하기는 일치하는 DEG 중 절대 log2FC 최댓값을 기준으로 상대적으로 조정됩니다.
Group Nodes (Protein Complexes)¶
KEGG pathway에서 복합체로 기능하는 유전자는 점선 컨테이너 노드 안에 묶여 표시됩니다. 구성 유전자는 컨테이너 내부에 표시되어 생물학적 관계를 유지합니다.
Paralog Handling¶
pathway 위치에 여러 유전자 ID(paralog/isoform)가 포함되어 있으면, 모두 사용자의 DEG 목록과 대조됩니다. 노드에는 절대 log2FC가 가장 큰 paralog가 표시되며, 클릭하면 일치하는 모든 paralog의 상세 정보가 나타납니다.
Pathway Gene Table¶
선택한 pathway의 모든 유전자를 발현 데이터와 함께 나열하는 확장 가능한 테이블입니다.
- Gene ID, Description, log2FC, padj, Direction
- 요약 지표: 상향 조절, 하향 조절, 기타/누락 개수
- CSV 다운로드 가능
Tip
레이아웃 전환기를 사용해 pathway 구조를 탐색하세요. KEGG Layout은 표준 pathway 배치를 유지하며, Force-directed는 상호작용하는 유전자 클러스터를 드러낼 수 있습니다. 유전자 노드를 클릭하면 발현 상세 정보와 연결된 상호작용을 확인할 수 있습니다.