DEG by Cell Type — Where the Response Is¶

화면 헤더: 🔥 DEG by Cell Type

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 제공됩니다.

DEG by Cell Type 탭은 어떤 세포 유형이 실제로 반응하는지를 보여줍니다. 조직 전체에 대해 하나의 차등 발현 결과를 내는 대신, 각 세포 유형 안에서 대조를 따로 수행하고 그 결과를 나란히 비교합니다.

DEG by Cell Type — example output

샘플 프로젝트 실행 예시입니다.

Metric¶

Metric 컨트롤로 히트맵에 표시할 값을 전환합니다.

degs — 차등 발현 유전자 전체
up — 발현이 증가한 유전자만
down — 발현이 감소한 유전자만

up과 down을 번갈아 보면 각 세포 유형이 어느 방향으로 반응하는지 드러납니다. 합산된 수치만으로는 알 수 없는 부분으로, DEG 총계가 비슷한 두 세포 유형이 서로 반대 방향으로 반응하고 있을 수 있습니다.

DEGs by Cell Type × Contrast¶

히트맵은 한 축에 세포 유형을, 다른 축에 대조를 배치하고 각 칸에 개수를 적으며 색상 스케일로 비교를 돕습니다. 색이 가장 진한 칸이 해당 조건의 전사체 수준 효과가 가장 강한 세포 유형입니다.

여기의 수치는 사이드바 Filters의 Adjusted p-value threshold와 log2 Fold Change threshold에 따라 달라집니다. 값을 움직이면 히트맵 전체가 다시 계산됩니다.

결과 표¶

히트맵 아래 표는 각 칸의 근거가 되는 수치를 제공합니다.

컬럼	의미
`contrast`	세포 유형을 포함한 전체 대조 이름
`celltype`	검정된 세포 유형
`contrast_id`	대조 식별자(예: `OA_vs_Normal`)
`n_samples_reference` / `n_samples_target`	비교 각 측의 샘플 수
`genes_tested`	해당 세포 유형에서 발현 필터를 통과한 유전자 수
`degs` / `up` / `down`	유의한 유전자 수(전체 및 방향별)

눈에 띄는 결과를 받아들이기 전에 n_samples_reference와 n_samples_target을 확인하십시오. 더 적은 샘플로 검정된 세포 유형은 통계적 근거가 훨씬 약합니다. 또한 genes_tested는 세포 유형마다 다릅니다. 발현이 희박한 유전자는 제외되기 때문입니다.