KEGG — Pathway Enrichment Analysis

화면 헤더: KEGG: Pathway Enrichment Analysis

KEGG 탭은 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathway enrichment 분석 결과를 보여 주며, 차등 발현 유전자 사이에서 어떤 생물학적 pathway가 과대표(over-represented)되어 있는지 나타냅니다. GO 탭이 유전자 기능에 초점을 맞추는 반면, KEGG 탭은 보다 넓은 대사 및 신호 전달 pathway에 초점을 맞춥니다.

결과는 사전 계산된 enrichment 파일(combined_KEGG_enrichment.tsv)에서 불러옵니다.

KEGG-Specific Controls

대비(contrast)는 사이드바의 Contrast 드롭다운으로 결정되며, 사이드바 대비를 전환하면 KEGG 리포트가 자동으로 갱신됩니다.

Direction

발현 방향으로 필터링하는 드롭다운입니다.

• all — 모든 차등 발현 유전자(up + down 합산)에서 enrichment된 pathway를 표시합니다.
• up — 상향 조절된 유전자에서만 enrichment된 pathway를 표시합니다.
• down — 하향 조절된 유전자에서만 enrichment된 pathway를 표시합니다.

표시되는 pathway의 개수는 사이드바의 Top N 슬라이더로 제어합니다.

KEGG Enrichment Bar Chart

주요 시각화는 각 막대가 하나의 KEGG pathway를 나타내는 가로 막대 차트입니다. x축은 gene count를 나타내고, 막대는 통계적 유의성에 따라 색이 지정됩니다. 빨간색이 진할수록 더 유의미한 enrichment를 나타내고, 옅은 색조일수록 덜 유의미한 결과를 나타냅니다.

차트 제목은 현재 설정을 동적으로 반영합니다(예: "KEGG Enrichment — contrast_name | Top 20 Up + Top 20 Down (p.adjust < 0.05)").

KEGG Enrichment Table (Expandable)

차트 아래의 확장 가능한 데이터 테이블은 pathway ID, 설명, gene ratio, gene count, p-value, adjusted p-value를 포함한 전체 표 형식 데이터를 제공합니다.