MA — Fold Change vs Mean Expression

화면 헤더: MA Plot: Mean Expression vs Fold Change

MA plot은 모든 유전자를 y축의 log2 Fold Change와 x축의 평균 발현량(mean expression)(DESeq2 baseMean의 log10)으로 표시합니다. 이를 통해 fold change가 유전자의 발현 강도에 얼마나 의존하는지 드러납니다.

플롯 읽는 법

• 큰 양의 log2FC를 가진 유전자는 상단 부근에, 큰 음의 값을 가진 유전자는 하단 부근에 위치합니다.
• 왼쪽에서 오른쪽으로 갈수록 샘플 전반의 평균 발현량이 증가함을 나타냅니다.
• 유의한 유전자는 Up/Down 색상으로 표시되고, 유의하지 않은 유전자는 흐리게 표시됩니다.

정상적인 데이터셋은 전체 발현 범위에 걸쳐 fold change가 대체로 0을 중심으로 분포합니다. 저발현(왼쪽) 쪽의 부채꼴 형태는 부풀려진 fold change를 갖는 노이즈가 많은 저카운트 유전자의 흔한 신호입니다.

언제 사용하나요

MA plot은 Volcano plot을 보완하는 용도로 사용하세요. Volcano가 통계적 유의성을 강조한다면, MA는 발현량(abundance)을 강조합니다. 저카운트 유전자에서 나온 큰 fold change를 신뢰하기 전에 발현량 의존적인 fold-change 편향을 확인하려면 MA plot을 활용하세요.