PPI — Protein-Protein Interaction Network¶

화면 헤더: PPI: Protein-Protein Interaction Network

PPI 탭은 STRING 데이터베이스를 이용해 유의하게 차등 발현된 유전자(DEG) 간의 단백질-단백질 상호작용을 시각화합니다. 이를 통해 데이터셋 내의 기능적 연관성, 단백질 복합체, 허브 유전자를 파악할 수 있습니다.

How It Works¶

유의한 DEG(p-value 및 fold change 임계값으로 필터링됨)가 STRING API로 전송됩니다
Gene ID가 STRING 단백질 식별자로 매핑됩니다
알려진 상호작용과 예측된 단백질 상호작용이 조회됩니다
결과가 인터랙티브 네트워크 그래프로 표시됩니다

Note

이 리포트는 STRING 데이터베이스를 조회하기 위해 인터넷 연결이 필요합니다. 사전 계산된 데이터 파일은 필요하지 않으며, 모든 것이 DESeq2 결과로부터 실시간으로 계산됩니다.

PPI-Specific Controls¶

Organism¶

종(species) 이름을 입력하는 텍스트 입력란입니다. Organism은 gene ID로부터 자동 감지되어 STRING에 대해 검증됩니다. STRING에 없는 비모델 생물(예: 고구마)의 경우, 호환되는 모델 생물이 자동으로 제안됩니다(예: Arabidopsis thaliana). 자동 감지되지 않으면 전체 라틴 학명을 입력하세요(예: Homo sapiens, Mus musculus, Arabidopsis thaliana).

Min Confidence¶

STRING 상호작용의 최소 신뢰도 점수를 설정하는 슬라이더입니다:

Level	Score	Description
Low	150	추정적 상호작용을 포함
Medium	400	기본값 — 커버리지와 신뢰성의 균형
High	700	충분히 뒷받침된 상호작용만 포함
Highest	900	최고 신뢰도 상호작용만 포함

Max DEGs¶

네트워크 쿼리에 포함할 상위 유의 DEG의 개수를 조절하는 슬라이더입니다(10–500, 기본값: 100). STRING 매칭을 최대화하기 위해 gene symbol을 확인할 수 있는 DEG가 우선적으로 선택됩니다. 알려진 symbol을 가진 유전자가 적은 비모델 생물의 경우 이 값을 늘리세요.

Network Graph¶

메인 시각화는 인터랙티브 네트워크이며, 각 요소는 다음을 의미합니다:

Nodes = 단백질(DEG)
Edges = STRING에서 조회된 알려진 상호작용 또는 예측된 상호작용
Node color: 빨강 = 상향 조절(upregulated), 파랑 = 하향 조절(downregulated), 회색 = 기타(사이드바의 Up/Down/Others 색상 사용)
Node size: 사이드바 Dot Size 설정에 따라 크기가 정해지며, 연결 수(degree)가 많을수록 커집니다
Node labels: 사이드바 Font color 설정을 사용합니다
Edge lines: 사이드바 Threshold line color 설정을 사용합니다
Color legend: 그래프 오른쪽에 표시되며 Up-regulated, Down-regulated, Other 범주를 보여줍니다. 범례 항목을 클릭하면 해당 그룹의 표시 여부를 전환할 수 있습니다.

노드 위에 마우스를 올리면 단백질 이름, log2 fold change, 조정된 p-value, 연결 수를 확인할 수 있습니다.

Hub Genes Table¶

연결성(상호작용 수)을 기준으로 순위를 매긴 확장 가능한 테이블입니다. 허브 유전자, 즉 연결이 가장 많은 유전자는 기능적으로 중요한 조절인자인 경우가 많습니다. 컬럼은 다음과 같습니다:

Protein — STRING의 대표 이름(preferred name)
Connections — 네트워크 내 상호작용 수
Direction — 상향 또는 하향 조절
log2FC — Log2 fold change
padj — 조정된 p-value

Interaction Table¶

모든 단백질 쌍의 상호작용을 개별 근거 점수와 함께 나열하는 확장 가능한 테이블입니다:

score — 통합 STRING 신뢰도 점수
nscore — Neighbourhood score
fscore — Fusion score
pscore — Phylogenetic profile score
ascore — Co-expression score
escore — Experimental score
dscore — Database score
tscore — Text-mining score

STRING Functional Enrichment¶

STRING이 계산한 기능적 농축(functional enrichment) 결과를 보여주는 확장 가능한 테이블로, 조회된 단백질에서 농축된 GO term, KEGG pathway 및 기타 주석 범주를 포함합니다.