Pseudobulk Coverage — What Was Tested

화면 헤더: 🧮 Pseudobulk Coverage

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 제공됩니다.

Pseudobulk Coverage 탭은 내 세포 유형이 검정되었는지, 몇 개의 샘플에서 검정되었는지, 검정되지 않았다면 그 이유는 무엇인지에 답합니다.

단일세포 데이터의 차등 발현 분석은 pseudobulk 방식으로 수행됩니다. 한 샘플에서 한 세포 유형에 속하는 세포들을 합산해 하나의 발현 프로파일로 만들고, 그 프로파일들을 조건 간에 비교합니다. 즉 반복 단위는 세포가 아니라 샘플이며, 양쪽에 충분한 샘플이 확보되지 않은 세포 유형은 아예 검정할 수 없습니다. 이 탭은 그 사실을 조용한 누락으로 남기지 않고 명시적으로 보여줍니다.

샘플 프로젝트 실행 예시입니다.

Tested Contrasts

제목에 개수가 함께 표시되는 확장 표에서, 성공적으로 수행된 모든 세포 유형별 대조를 확인할 수 있습니다.

컬럼	의미
contrast	세포 유형을 포함한 전체 대조 이름
celltype	검정된 세포 유형
contrast_id	대조 식별자(예: OA_vs_Normal)
n_samples_reference / n_samples_target	각 측에 기여한 샘플 수
genes_tested	해당 세포 유형에서 발현 필터를 통과한 유전자 수
degs / up / down	유의한 유전자 수(전체 및 방향별)

Skipped Cell Types

함께 제공되는 표는 검정되지 않은 항목과 그 이유를 각각 명시합니다(예: "needs >=2 samples per side, has 0 Normal / 4 OA"). 차등 발현 결과에 보이지 않는 세포 유형은 이 표에서 찾을 수 있어야 하며, 실제로 여기에 있다면 원인은 생물학이 아니라 커버리지입니다.

Cells per Pseudobulk Column

이 차트는 샘플 × 세포 유형 조합마다 몇 개의 세포가 투입되었는지를 세포 유형별 색상으로, 많은 순서대로 보여줍니다. 각 결과의 깊이를 확인하는 수단입니다. 소수의 세포로 만들어진 pseudobulk 프로파일은 노이즈가 크므로, 해당 조합이 이 차트의 오른쪽 끝에 위치한다면 왼쪽에 위치한 결과보다 더 신중하게 해석해야 합니다.