Sidebar Controls¶
Sidebar는 대시보드 왼쪽에 항상 표시됩니다. 위에서 아래로 다음과 같이 구성됩니다.
Username & Logout¶
Sidebar 최상단에는 사용자 이름(예: "ejcha88")이 Logout 버튼과 함께 표시됩니다. 세션을 종료하려면 Logout을 클릭하세요.
Project Selector¶
"Project"이라고 표시된 드롭다운에서 저장된 분석 프로젝트를 전환할 수 있습니다. 각 프로젝트는 이름과 NCBI 접근 ID(예: "[Sample] asd (PRJNA257197)")로 구분됩니다.
아직 처리 중인 프로젝트에는 "- Not ready" 라벨이 표시됩니다. 이는 RNA-Seq 파이프라인 완료를 기다리고 있음을 의미합니다. 준비된 프로젝트를 선택하면 해당 분석 결과가 모든 시각화 탭에 로드됩니다.
Contrast Selector¶
프로젝트에 여러 개의 contrast(즉, 여러 개의 *.deseq2.results*.tsv 파일)가 있는 경우 Project selector 아래에 Contrast 드롭다운이 나타납니다. 이 드롭다운으로 모든 시각화 탭에 표시할 DESeq2 비교를 전환할 수 있습니다. contrast 이름은 파일명(예: treatment_VS_control)에서 파생됩니다.
contrast 파일이 하나만 존재하는 경우 이 드롭다운은 숨겨지며 해당 contrast가 자동으로 사용됩니다.
Filters¶
Filters 섹션은 임계값 슬라이더와 유전자 선택 도구를 제공합니다.
Adjusted p-value threshold¶
0.00에서 0.10까지 범위의 슬라이더입니다(기본값: 0.08). 이 임계값보다 낮은 adjusted p-value를 가진 유전자는 통계적으로 유의한 것으로 간주됩니다. 값을 낮추면 필터가 더 엄격해지고, 값을 높이면 더 많은 유전자가 포함됩니다.
log2 Fold Change threshold¶
0.50에서 5.00까지 범위의 슬라이더입니다(기본값: 1.00). 유전자가 생물학적으로 의미 있는 것으로 간주되려면 절대 log2 fold change가 이 값보다 커야 합니다. 값을 높이면 더 큰 발현 변화를 필터링합니다.
Info
이 두 임계값은 함께 작동하여 Volcano plot, Bar chart 및 기타 화면에 표시되는 "유의한" 유전자를 정의합니다.
Top N¶
5에서 50까지 범위의 슬라이더입니다(기본값: 20). enrichment 차트(GO 및 KEGG 탭)와 기타 순위 기반 시각화에 표시되는 상위 항목의 개수를 제어합니다.
Filter by gene ID¶
표시되는 데이터를 특정 유전자 식별자로 좁힐 수 있는 검색 가능한 드롭다운입니다. 드롭다운을 클릭하고 유전자 ID를 입력해 검색하거나 목록을 탐색하세요. 여러 유전자를 선택할 수 있습니다. 여기에서 유전자를 선택하면 해당 유전자만 플롯과 테이블에 표시됩니다.
Filter by gene desc¶
gene ID 필터와 유사하지만, 유전자의 기능 설명(functional description) 텍스트로 검색하고 필터링합니다. 관심 있는 기능이나 경로는 알지만 구체적인 gene ID를 모를 때 유용합니다.
Highlight gene ID¶
플롯(예: Volcano plot)에서 특정 유전자를 시각적으로 강조 표시할 수 있는 검색 가능한 드롭다운입니다. 필터 옵션과 달리 강조 표시는 다른 유전자를 제거하지 않으며, "Selected" 강조 색상을 사용하여 관심 유전자에 주의를 끌 뿐입니다.
Highlight genes desc¶
Highlight Gene ID와 동일하지만, 설명 텍스트로 유전자를 매칭합니다.
PCA Axes¶
이 컨트롤은 PCA 탭에 표시되는 주성분(principal component)을 결정합니다.
- X axis — 가로축에 표시할 주성분을 선택하는 드롭다운입니다(기본값: PC1).
- Y axis — 세로축에 표시할 주성분을 선택하는 드롭다운입니다(기본값: PC2).
이 값을 변경하여 다른 성분 조합(예: PC1 vs PC3)을 탐색할 수 있습니다.
Appearance (Collapsible Section)¶
Appearance 섹션은 접을 수 있는 패널입니다(헤더 또는 chevron을 클릭하여 펼치거나 접습니다). 모든 시각적 사용자 지정 컨트롤이 포함되어 있습니다.
Dot Size¶
5.00에서 14.00까지 범위의 슬라이더입니다(기본값: 6.00). PCA Score Plot 및 Volcano Plot 같은 산점도에서 데이터 포인트의 크기를 제어합니다.
Plot Height¶
300에서 1200 픽셀 범위입니다(기본값: 500). 모든 리포트 탭에서 생성되는 플롯의 높이를 제어합니다. 일부 리포트(예: Enrichment Compare, Venn)는 콘텐츠에 더 많은 공간이 필요할 때 이 값보다 커질 수 있지만, 결코 이 값보다 작아지지는 않습니다.
Plot Width¶
400에서 1600 픽셀 범위입니다(기본값: 800). 모든 리포트 탭에서 생성되는 플롯의 너비를 제어합니다. 일부 리포트(예: Heatmap by Sample, Co-expression correlation matrix)는 샘플이나 유전자가 많을 때 이 값보다 커질 수 있지만, 결코 이 값보다 작아지지는 않습니다.
Colors¶
플롯 요소를 사용자 지정하기 위한 색상 선택기입니다.
| Color | Purpose | Default |
|---|---|---|
| Up | Upregulated genes | Red |
| Down | Downregulated genes | Blue |
| Select | Highlighted/selected genes | Orange |
| Others | Non-significant or other genes | Grey |
| Title | Plot titles | Black |
| BG | Background color of the plot area | Dark grey |
| Axis | Axis labels and tick marks | Dark grey |
색상 견본을 클릭하면 색상 선택기가 열리며 원하는 색상을 선택할 수 있습니다.
Font¶
- Font size — 8에서 24까지 범위의 슬라이더입니다(기본값: 12). 플롯 라벨, 축 텍스트, 제목의 기본 글꼴 크기를 제어합니다.
- Font color — 플롯에 사용되는 기본 글꼴 색상 선택기입니다(기본값: black).
Threshold Lines¶
- Line type — 선 스타일을 선택하는 드롭다운입니다: dash(기본값), solid, dot 또는 기타 옵션.
- Line color — 임계선 색상 선택기입니다(기본값: grey).
Presets¶
Appearance 섹션 하단에 4개의 preset 버튼이 2x2 그리드로 배열되어 있습니다.
| Preset | Font Size | Dot Size | Plot Size | Best for |
|---|---|---|---|---|
| Publication | 14 | 8 | 600 x 900 | Journal figures |
| Presentation | 18 | 10 | 700 x 1200 | Slides and talks |
| Screen | 12 | 6 | 500 x 800 | On-screen exploration |
| Reset | — | — | — | Restores all settings to defaults |
preset을 클릭하면 해당 값이 즉시 적용됩니다. Reset 버튼은 모든 사용자 지정을 지우고 appearance 및 filter 설정을 원래 기본값으로 복원합니다.
New Project¶
Sidebar 최하단의 "New Project" 버튼을 클릭하면 프로젝트 생성 워크플로가 열립니다. 자세한 내용은 Projects를 참조하세요.