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Liragen Insights에 오신 것을 환영합니다

Interactive NGS Reporting Platform — https://insights.liragen.com

Liragen Insights를 이용하면 RNA-Seq 차등 발현 분석 결과를 인터랙티브하고 논문 수준의 시각화로 브라우저에서 바로 탐색할 수 있습니다. 별도의 소프트웨어 설치가 필요하지 않습니다.

Quick Start

  • 1. Log In

    insights.liragen.com에 접속하여 계정 정보를 입력하세요.

    Access & Login

  • 2. Create a Project

    NCBI accession ID를 입력하고, SRA run을 선택한 뒤, contrast를 정의하세요.

    Projects

  • 3. Explore Reports

    PCA부터 UMAP까지, 벌크 프로젝트는 23개, 단일세포 프로젝트는 29개의 리포트 탭을 제공합니다.

    Visualization Tabs

  • 4. Customize

    임계값, 색상, 폰트를 조정하고 논문에 바로 사용할 수 있는 플롯을 내보내세요.

    Sidebar Controls

Reports by Category

벌크 RNA-seq 프로젝트는 아래 일곱 개 범주의 23개 리포트를 생성합니다. 단일세포 프로젝트는 마지막 Single-cell 범주가 추가되어 29개 전체를 생성합니다. 각 리포트는 앱 내의 인터랙티브 탭으로 제공됩니다 — 이름을 클릭하면 해당 가이드가 열립니다.

Overview

Report 내용
Analysis Overview 프로젝트 전체에 대한 RNA-Seq 파이프라인 요약 통계

Quality Control

Report 내용
PCA 샘플 클러스터링 및 분산 분석
Box 샘플별 정규화된 count 분포
Violin 동일한 분포를 밀도 형태로 표현
Heatmap by Sample 샘플 간 상관관계 행렬

Differential Expression

Report 내용
Volcano 차등 발현의 유의성 대비 fold change
MA 평균 발현량 대비 fold change
Bar 필터링된 상향/하향 발현 유전자 수
Gene Card 유전자별 상세 보기
Gene Trend 조건에 따른 발현 프로파일
Contrast Scatter 두 contrast 간 fold change 비교

Expression Patterns

Report 내용
Heatmap by Gene 샘플 전반의 Z-score 발현 패턴
Clustering 용량-반응/시계열 발현 패턴
Circos 원형 차등 발현 시각화

Functional Enrichment

Report 내용
GO Gene Ontology 농축 분석 (BP, CC, MF)
KEGG KEGG pathway 농축 분석
KEGG Pathway Map 발현량 오버레이가 포함된 인터랙티브 pathway 네트워크
Enrichment Compare contrast 간 GO/KEGG 농축 비교 heatmap

Networks

Report 내용
PPI 단백질-단백질 상호작용 네트워크 (STRING DB)
Co-expression 정규화된 count로부터 생성한 유전자 상관관계 네트워크
Hub Network 허브 유전자와 그 ego-network

Multi-Contrast Overlap

Report 내용
Venn 2~3개 contrast 간 DEG 중첩
Upset 다중 contrast DEG 교집합

Single-cell

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 생성됩니다.

Report 내용
Cell QC 샘플별 바코드 → 호출된 세포 → 최종 세포
Cell Atlas 전체 세포의 UMAP, 원하는 필드로 재채색
Cell Composition 샘플별 세포 유형 비율
Cluster Markers 각 세포 유형 레이블의 마커 근거
DEG by Cell Type 어떤 세포 유형이 어느 방향으로 반응하는지
Pseudobulk Coverage 무엇이 몇 개 샘플로 검정되었고 무엇이 제외되었는지

단일세포 프로젝트에는 300 DPI 논문용 그림을 모은 Single-cell Figures 갤러리도 함께 제공됩니다. 인터랙티브 리포트가 아니라 정적 이미지 모음이므로 29개 리포트에는 포함되지 않습니다.

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