Liragen Insights에 오신 것을 환영합니다¶
Interactive NGS Reporting Platform — https://insights.liragen.com
Liragen Insights를 이용하면 RNA-Seq 차등 발현 분석 결과를 인터랙티브하고 논문 수준의 시각화로 브라우저에서 바로 탐색할 수 있습니다. 별도의 소프트웨어 설치가 필요하지 않습니다.
Quick Start¶
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1. Log In
insights.liragen.com에 접속하여 계정 정보를 입력하세요.
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2. Create a Project
NCBI accession ID를 입력하고, SRA run을 선택한 뒤, contrast를 정의하세요.
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3. Explore Reports
PCA부터 Venn 다이어그램까지 23개의 리포트 탭을 살펴보세요.
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4. Customize
임계값, 색상, 폰트를 조정하고 논문에 바로 사용할 수 있는 플롯을 내보내세요.
Reports by Category¶
모든 프로젝트는 아래의 전체 리포트 세트를 생성합니다. 각 리포트는 앱 내의 인터랙티브 탭으로 제공됩니다 — 이름을 클릭하면 해당 가이드가 열립니다.
Overview & Summary¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| Project Summary | 프로젝트 메타데이터, 샘플, contrast 및 다운로드 가능한 데이터 파일 |
| Analysis Overview | 프로젝트 전체에 대한 RNA-Seq 파이프라인 요약 통계 |
Quality Control¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| PCA | 샘플 클러스터링 및 분산 분석 |
| Box & Violin | 샘플별 정규화된 count 분포 |
| Heatmap by Sample | 샘플 간 상관관계 행렬 |
Differential Expression¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| Volcano | 차등 발현의 유의성 대비 fold change |
| MA | 평균 발현량 대비 fold change |
| Bar | 필터링된 상향/하향 발현 유전자 수 |
| Gene Card | 유전자별 상세 보기 |
| Gene Trend | 조건에 따른 발현 프로파일 |
| Contrast Scatter | 두 contrast 간 fold change 비교 |
Expression Patterns¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| Heatmap by Gene | 샘플 전반의 Z-score 발현 패턴 |
| Clustering | 용량-반응/시계열 발현 패턴 |
| Circos | 원형 차등 발현 시각화 |
Functional Enrichment¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| GO | Gene Ontology 농축 분석 (BP, CC, MF) |
| KEGG | KEGG pathway 농축 분석 |
| KEGG Pathway Map | 발현량 오버레이가 포함된 인터랙티브 pathway 네트워크 |
| Enrichment Compare | contrast 간 GO/KEGG 농축 비교 heatmap |
Networks¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| PPI | 단백질-단백질 상호작용 네트워크 (STRING DB) |
| Co-expression | 정규화된 count로부터 생성한 유전자 상관관계 네트워크 |
| Hub Network | 허브 유전자와 그 ego-network |
Multi-Contrast Overlap¶
| Report | 내용 |
|---|---|
| Venn | 2~3개 contrast 간 DEG 중첩 |
| Upset | 다중 contrast DEG 교집합 |
Need Help?¶
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- Support — info@liragen.com으로 Liragen에 문의하기