Cell Atlas — UMAP Overview¶

화면 헤더: 🗺️ Cell Atlas

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 제공됩니다.

Cell Atlas 탭은 아틀라스가 어떤 모습이며 각 샘플이 그 안 어디에 위치하는지를 보여줍니다. 모든 세포를 발현 프로파일에 따라 배치한, 실험 전체의 지도입니다. 유사한 세포끼리 가까이 모입니다.

Cell Atlas — example output

샘플 프로젝트 실행 예시입니다.

UMAP¶

UMAP_1과 UMAP_2 축 위에 세포 하나당 점 하나로 UMAP 임베딩이 표시됩니다. 발현 프로파일이 비슷한 세포는 서로 가까이 배치되고, 뚜렷이 구분되는 집단은 분리된 섬처럼 나타납니다. UMAP 축에는 단위가 없으며 두 클러스터 사이의 거리 자체에는 정량적 의미가 없습니다. 기하학적 거리가 아니라 그룹 구조를 읽으십시오.

Colour by¶

플롯 위의 Colour by 드롭다운은 임베딩을 다시 계산하지 않고 색상만 바꿉니다. celltype으로 칠하면 각 영역이 무엇인지 보이고, 샘플이나 조건으로 바꾸면 다른 질문에 답할 수 있습니다. 해당 영역이 여러 샘플에 공통으로 나타나는지, 아니면 한 샘플에서만 비롯된 것인지입니다. 한 샘플에서만 존재하는 클러스터는 대개 생물학이 아니라 batch effect입니다.

오른쪽 범례에는 선택한 필드의 값이 나열됩니다.

렌더링을 위한 샘플링¶

세포 수가 많은 실험에서는 플롯 반응성을 위해 무작위 부분집합만 그리며, 플롯 아래 캡션이 이를 명시합니다(예: "Showing a random sample of 50,000 of 68,452 cells for rendering performance."). 이 부분집합은 화면 표시에만 적용되며, 이후의 모든 통계는 전체 세포를 대상으로 계산됩니다.