Cluster Markers — Why a Cluster Is Named That¶

화면 헤더: 🔎 Cluster Markers

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 제공됩니다.

Cluster Markers 탭은 이 클러스터가 왜 그 이름으로 불리는지를 보여줍니다. 프로젝트 전반에 등장하는 모든 세포 유형 레이블은 여기에서 비롯되며, 이 탭은 각 레이블의 근거를 제시하므로 이를 그대로 받아들일지, 의심할지, 아니면 논문에서 다시 명명할지 판단할 수 있습니다.

Cluster Markers — example output

샘플 프로젝트 실행 예시입니다.

Cluster Annotation¶

확장 표에 모든 클러스터와 그 명명 방식이 나열됩니다.

컬럼	의미
`cluster`	클러스터 번호
`label`	프로젝트 전반에서 사용되는 세포 유형 이름
`confidence`	근거의 강도
`method`	레이블이 부여된 방식

두 가지 방법이 나타나며 confidence를 표기하는 방식이 서로 다릅니다. SingleR은 각 클러스터를 참조 데이터셋과 비교해 백분율로 보고합니다. marker_table은 클러스터의 상위 유전자를 마커 목록과 대조해 몇 개가 일치했는지 보고합니다. 따라서 confidence가 "1 marker hits"라면 그 레이블은 단 하나의 유전자에 근거한 것입니다. 그런 레이블은 잠정적인 것으로 보고 아래 마커 플롯과 대조해 확인하십시오.

Cluster¶

Cluster 드롭다운으로 살펴볼 클러스터를 선택합니다. 각 항목에는 레이블, 클러스터 번호, 방법, confidence가 함께 표시되므로(예: "Chondrocyte_c0 (cluster 0, marker_table, 1 marker hits)"), 선택하는 동안 근거가 약한 레이블이 바로 눈에 들어옵니다.

Top Markers¶

막대 차트는 선택한 클러스터에서 가장 강한 마커 유전자를 avg log2FC(나머지 세포 대비 해당 클러스터에서 얼마나 더 높게 발현되는지) 순으로 보여줍니다. 이 유전자들이 클러스터를 정의하며, 레이블의 타당성을 판단할 때 확인해야 할 대상입니다.

표시되는 유전자 개수는 사이드바 Filters의 Top N을 따릅니다.

Search the Full Marker Table¶

"Search the full marker table (not just top N)" 체크박스를 켜면 차트 아래 표가 상위 유전자에 한정되지 않고 전체 마커 유전자로 확장됩니다. 특정 세포 유형에서 기대하는 유전자가 존재하기는 하는지 확인할 때 사용하십시오. 어떤 유전자는 fold change 상위권에 들지 않으면서도 실제 마커일 수 있습니다.