Cell QC — Barcodes to Cells¶

화면 헤더: 🧪 Cell QC

단일세포 RNA-seq 프로젝트에서 제공됩니다.

Cell QC 탭은 하나의 질문에 답합니다. 시퀀싱 결과 중 샘플별로 얼마나 살아남았는가? 원시 바코드에서 시작해 cell calling, 품질 필터링, doublet 제거까지 각 샘플의 경로를 추적하므로, 생물학적 해석에 들어가기 전에 어느 단계에서 세포가 손실되었는지 확인할 수 있습니다.

Cell QC — example output

샘플 프로젝트 실행 예시입니다.

바코드 요약¶

상단 요약 줄은 샘플마다 관측된 바코드 수와 그로부터 호출된 세포 수를 보고합니다(예: "Normal_1: 121,743 barcodes → 9,792 cells called"). 두 수치의 차이가 큰 것은 정상입니다. 대부분의 바코드는 빈 droplet입니다.

QC Funnel per Sample¶

메인 차트는 각 샘플을 세 단계로 나누어 보여주므로 단계 간 감소폭을 한눈에 볼 수 있습니다.

cells_called — 세포를 포함한 것으로 판정된 바코드
cells_qc_pass — 품질 필터를 통과한 세포
cells_final — doublet 제거 후 남은 세포

오른쪽 범례가 샘플을 색상으로 구분합니다. 특정 단계에서 다른 샘플보다 유독 크게 떨어지는 샘플이 있다면 확인이 필요한 샘플입니다.

Doublets Removed¶

Funnel 아래 줄은 각 샘플에서 제거된 doublet 수를 보고합니다. Doublet은 두 개의 세포가 함께 포획된 droplet으로, 제거하지 않으면 실재하지 않는 중간 형태의 세포 유형처럼 보일 수 있습니다.

Per-Sample Medians¶

확장 가능한 표에서 샘플별 품질 중앙값을 확인할 수 있습니다.

컬럼	의미
`droplet_method`	바코드에서 세포를 호출한 방법(예: `emptyDrops`)
`median_genes`	세포당 검출 유전자 수의 중앙값
`median_umis`	세포당 UMI(전사체 수)의 중앙값
`median_percent_mt`	세포당 미토콘드리아 read 비율의 중앙값

다른 샘플에 비해 median_genes가 낮거나 median_percent_mt가 높다면 해당 샘플에 스트레스를 받았거나 사멸 중인 세포가 많다는 신호입니다.