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Creating and Managing Projects

Creating a New Project

사이드바 하단의 New Project 버튼을 클릭하면 프로젝트 생성 마법사가 열립니다. 양식에는 다음 항목이 포함됩니다.

  1. Project Name (required) — 프로젝트 이름을 입력하는 텍스트 필드입니다. 이 이름은 사이드바의 Project 드롭다운에 표시됩니다.

  2. Organism — NCBI RefSeq의 32,000종 이상의 생물종을 검색할 수 있는 드롭다운입니다. 입력을 시작하면 필터링됩니다(예: "arabidopsis", "homo", "oryza").

  3. Scientific Hypothesis (optional) — 이 RNA-Seq 데이터로 검증하고자 하는 가설을 기술합니다.

  4. NCBI Accession(s) — 하나 이상의 NCBI BioProject accession ID를 입력합니다(예: PRJNA288044). 여러 accession은 쉼표로 구분합니다.

  5. Fetch — 입력한 accession ID에 대한 SRA(Sequence Read Archive) run 메타데이터를 가져옵니다.

Project Setup Workflow

Fetch를 클릭하면 플랫폼이 NCBI로부터 run 메타데이터를 가져옵니다. 이후 추가 설정 단계를 안내받게 됩니다.

  1. run을 선택하고 각 run에 Sample Name, Group Name, 그리고 Treat(처리군) 또는 Control(대조군) 여부를 annotation합니다.
  2. contrast 정의 — 차등 발현 분석을 위해 Reference(대조군)와 Target(처리군)을 선택하여 비교할 그룹을 지정합니다.
  3. AI Copilot (optional) — 활성화된 경우, AI 어시스턴트가 가설을 다듬는 데 도움을 주고 데이터를 기반으로 contrast를 제안합니다.
  4. Submit을 클릭하여 프로젝트를 저장 및 제출하거나, 💾 Save Draft를 클릭하여 진행 상황을 저장하고 나중에 계속할 수 있습니다.

Note

  • Draft — "Save Draft"로 저장됨, 나중에 계속 진행 가능
  • Pending — "Submit"으로 제출됨, RNA-Seq 파이프라인 대기 중
  • Processing — 파이프라인 실행 중
  • Completed — 데이터 파일 이용 가능, 모든 시각화 탭 접근 가능

Editing an Existing Project

Project Summary 탭을 열고 ✏️ Edit Project 버튼을 클릭하세요. 편집 모드로 마법사가 열리며 다음 작업을 수행할 수 있습니다.

  • 새 NCBI accession 추가 — 추가 SRA run을 가져와 등록
  • 샘플 annotation 수정 — Sample Name, Group Name 또는 Treat/Control 업데이트
  • 새 contrast 추가 — 추가 비교 정의 (기존 contrast는 삭제할 수 없음)
  • 가설 업데이트 — 과학적 가설 다듬기
  • 생물종 변경 — 드롭다운에서 다른 생물종 선택

기존 contrast에서 사용 중인 run은 삭제되지 않도록 보호됩니다. 변경 사항을 저장하려면 Submit을, 진행 상황을 저장하려면 💾 Save Draft를, 변경을 취소하려면 Cancel을 클릭하세요.

Switching Between Projects

사이드바의 Project 드롭다운을 사용하면 언제든지 저장된 프로젝트 간에 전환할 수 있습니다. 다른 프로젝트를 선택하면 해당 프로젝트의 데이터로 모든 시각화가 다시 로드됩니다.