Instruction — Getting Started Guide¶
화면 헤더: Instruction
Instruction 탭은 로그인 후 기본으로 표시되는 랜딩 페이지입니다. 세 가지 섹션으로 구성된 내장형 빠른 시작 참고 자료를 제공합니다.
Getting Started¶
핵심 워크플로를 단계별로 안내하는 번호 매김 가이드입니다.
- Create a Project — 사이드바에서 New Project를 클릭하고, NCBI accession ID(예:
PRJNA288044)와 프로젝트 이름을 입력한 뒤, Fetch를 클릭하여 SRA run 메타데이터를 가져옵니다. run에 Sample Name, Group Name, Treat/Control 레이블을 annotation하고, contrast(Reference vs Target)를 정의한 다음, Done을 클릭하여 프로젝트를 저장하고 RNA-Seq 분석을 위해 제출합니다. - Select a Project — 사이드바의 Project 드롭다운을 사용하여 저장된 프로젝트 간에 전환합니다.
- Not ready레이블이 있는 프로젝트는 RNA-Seq 파이프라인 완료를 대기 중입니다. 처리가 완료되면 모든 시각화 탭을 이용할 수 있습니다. - Explore Reports — 상단 내비게이션 바의 시각화 탭을 살펴봅니다.
Report Descriptions¶
모든 리포트와 그 용도를 요약한 테이블입니다. 자세한 내용을 보려면 리포트 이름을 클릭하세요.
| Report | 용도 — 언제 사용하는가 |
|---|---|
| Project Summary | 프로젝트 메타데이터, contrast, 샘플 및 다운로드 가능한 데이터 파일 |
| Analysis Overview (Summary) | 모든 contrast 전반의 DEG 수와 분포를 한눈에 확인 |
| PCA | QC: replicate 클러스터링, 그룹 분리, outlier 확인 |
| Box & Violin | QC: 그룹별로 비교 가능한 발현 분포 검증 |
| Heatmap by Sample | QC: 샘플 간 상관관계; outlier/batch effect 확인 |
| Volcano | 대표적인 DE 뷰: 어떤 유전자가 얼마나, 얼마나 유의하게 변했는지 |
| MA | 평균 발현량 대비 fold change; 발현량 의존적 bias 확인 |
| Bar | 기능 설명별 상향/하향 발현 유전자 수 |
| Gene Card | 모든 contrast와 샘플 전반에서 단일 유전자 심층 분석 |
| Gene Trend | 시계열/용량-반응에 따른 유전자 발현 line plot |
| Contrast Scatter | 두 contrast 간 log2FC 비교 (일치/불일치) |
| Heatmap by Gene | Z-score 발현 패턴; 공발현 유전자 클러스터 |
| Clustering | 반응 프로파일별 K-means 유전자 클러스터 (시간/용량 시리즈) |
| Circos | fold change, 유의성, 농축의 원형 요약 |
| GO | DEG 중 Gene Ontology 농축 (BP, CC, MF) |
| KEGG | DEG 중 KEGG pathway 농축 |
| KEGG Pathway Map | 발현량이 오버레이된 인터랙티브 pathway 다이어그램 |
| Enrichment Compare | contrast 간 GO/KEGG 농축 비교 heatmap |
| PPI | STRING DB를 통한 단백질-단백질 상호작용 네트워크 |
| Co-expression | count로부터 생성한 상관관계 네트워크 (API가 필요 없는 PPI 대안) |
| Hub Network | 허브 유전자 순위 지정 및 ego-network 확인 |
| Venn | 2~4개 contrast 간 DEG 중첩 |
| Upset | 다수(5개 이상) contrast 간 DEG 교집합 |
| Feedback | 버그 리포트, 기능 요청 또는 질문 전송 |
Sidebar Controls Summary¶
- Project — 저장된 분석 프로젝트 간 전환
- Contrast — 표시할 DESeq2 contrast 선택 (여러 contrast가 존재할 때 나타남)
- Filters — p-value 및 log2 fold change 임계값, Top N 조정, ID나 설명으로 유전자 필터링 또는 강조
- PCA Axes — X축과 Y축에 사용할 주성분 선택
- Appearance — dot 크기, 플롯 크기, 색상(Up, Down, Select, Others, Title, BG, Axis), 폰트 크기/색상, 임계선 스타일/색상 커스터마이즈
- Presets — 원클릭 스타일: Publication, Presentation, Screen 또는 Reset to defaults
- New Project — NCBI accession 데이터로 새 분석 프로젝트 생성
Need Help?¶
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