RNA 시퀀싱
왜 RNA를 분석하나요?
RNA는 유전자의 동적인 활동을 보여줍니다 — 무엇이, 언제, 어디서 켜지는지. RNA를 분석하면 세포가 실제로 무엇을 하고 있는지 알 수 있습니다.
세포 상태와 기능 파악
DNA가 설계도라면 RNA는 지금 어떤 유전자가 세포의 행동을 만들고 있는지 보여줍니다. 예: 가뭄 스트레스를 받은 벼에서 RD29, NCED 같은 ABA 관련 유전자의 발현 증가는 스트레스 반응 경로가 활성화되었음을 뜻합니다.
유전자 기능과 경로 규명
유전자가 언제 어디서 발현되는지 추적하면 생물학적 과정에서의 역할을 해독할 수 있습니다. 예: 병원균 공격 시 식물은 WRKY33, PAD3 같은 방어 유전자를 상향 조절합니다.
진단 및 바이오마커 발굴
특정 전사체는 질환 상태에서만 발현되어 진단 지표나 치료 표적이 될 수 있습니다. 예: HER2 mRNA 과발현은 특정 유방암 아형을 식별합니다.
새로운 전사체와 이소형 발견
RNA-seq은 알려지지 않은 유전자, 대체 스플라이싱, 비암호화 RNA(lncRNA, miRNA 등)를 찾아내 유전체 주석을 확장합니다.
분석 흐름
시료에서 결과까지
표준 차등 발현 분석 워크플로 — Liragen이 처음부터 끝까지 자동화하는 바로 그 과정입니다.
1 · 시료 및 라이브러리 준비
RNA 추출, 품질 관리, 시퀀싱용 라이브러리 제작.
2 · 시퀀싱
고처리량 NGS 리드 — 또는 공개 SRA/NCBI 등록번호에서 바로 시작.
3 · QC 및 정렬
리드 품질 관리, 어댑터 트리밍, 참조 유전체 정렬.
4 · 정량화
유전자별 리드 카운트와 전체 샘플에 걸친 정규화.
5 · 차등 발현 분석
DESeq2가 비교 그룹 간 유의하게 증가·감소한 유전자를 찾아냅니다.
6 · 농축 분석과 해석
GO/KEGG 농축 분석, 네트워크, 그리고 결과가 무엇을 의미하는지에 대한 平이한 해석문.